1. PDF下载与链接问题：Zotero在保存文献时，如果只是通过网页抓取信息而没有正确下载或链接到PDF文件，就会出现只有文献元数据而没有PDF附件的现象。确保你使用了正确的插件（如Zotero的浏览器插件）来捕获文献，并且该插件配置为下载PDF。
2. Zotero与Zotfile插件的配置：Zotfile是一个常用的Zotero插件，用于管理PDF文件的位置和重命名。如果Zotfile的设置不正确，比如“Source Folder for Attaching New Files”和Zotero的“链接附件的根目录”不匹配，Zotero将无法找到PDF文件。确保这两个路径一致，或者正确配置Zotfile，使其能正确移动和链接PDF文件。
3. 同步问题：如果你在多台设备上使用Zotero，并通过云服务同步，如坚果云或WebDAV，PDF文件的同步问题可能源于同步设置不正确或同步过程中文件路径的改变。确保所有设备上的Zotero设置一致，特别是文件存储路径，并检查云存储服务是否正确同步了PDF文件。
4. 版本兼容性或插件冲突：更新Zotero版本或插件后，可能会遇到兼容性问题，导致PDF不能自动下载或链接。检查Zotero及其插件是否为最新版本，并确认没有已知的版本间不兼容问题。
5. 权限与设置：确保Zotero有权限访问存储PDF的文件夹，特别是在使用管理员身份运行Zotero时，可能需要调整设置以避免权限冲突。
解决这类问题的一般步骤包括：
确认PDF是否实际下载到了预期的文件夹。
检查Zotfile设置，确保PDF的存储路径与Zotero的设置相匹配。
在Zotero中手动重新链接PDF，如果PDF已经存在于硬盘上。
如果使用同步服务，检查同步设置和云存储中的文件状态。
更新Zotero和相关插件至最新版本，必要时重置或重新配置同步服务。
如果问题依然存在，考虑查看Zotero的官方文档或社区论坛，那里可能有针对特定情况的解决方案。