在日本参考文献格式中，使用Zotero时，排序通常遵循日本学术界常见的习惯，这可能包括按照作者的姓氏（日文中通常是名在前，姓在后）或者按照出版年份来排序。具体的排序规则可能会根据不同的学术期刊、出版物或学科要求有所不同。
对于日文参考文献的排序，如果使用Zotero自定义参考文献格式，你可以遵循以下步骤来确保参考文献按照正确的顺序排列：
1. 使用CSL文件：Zotero支持通过Citation Style Language (CSL) 文件来自定义参考文献格式。对于日文文献，你可能需要找到或创建一个符合日本标准的CSL样式文件，该文件应考虑日文的书写习惯，比如姓和名的顺序以及出版信息的呈现方式。
2. 排序机制：在CSL文件中，排序逻辑通常是基于作者姓氏和出版年份。对于日文文献，确保CSL文件正确处理日文字符，包括正确的排序算法，因为日文字符的排序不同于拉丁字母。
3. Zotero设置：在Zotero中，参考文献的排序通常是通过所选样式自动完成的。如果你需要特别调整排序方式，可能需要手动编辑CSL文件或选择一个已经适配日文文献排序的样式。
4. 特殊字符处理：日文中包含的汉字、平假名、片假名在排序时需要特别注意，确保CSL样式文件能够正确识别并按照日文的字典顺序排序。
5. 测试和验证：在设置好自定义样式后，导入包含日文参考文献的条目，并在Zotero中预览参考文献列表，确保排序符合预期。如果使用的是“著者出版年制”，确保作者姓名的排序正确无误，特别是考虑到日文姓名的独特性。
由于Zotero的灵活性，如果默认的样式不满足需求，社区或个人开发者可能已经创建了特定于日本标准的样式文件，这些可以在Citation Style Language的在线编辑器（editor.）中找到或上传自定义样式进行微调。
处理日文参考文献时，关键是找到或创建一个适合日本学术规范的CSL样式，并在Zotero中正确应用，以确保参考文献按照日本的习惯正确排序。