Zotero是一款流行的文献管理工具，它帮助用户收集、组织和引用文献。当使用Zotero生成的引用在论文查重时被标红，这通常意味着查重系统未能正确识别这些引用为参考文献，导致它们被视为重复内容。这种情况可能由以下几个原因造成：
1. 参考文献格式错误：尽管Zotero提供了多种引用样式，如APA、MLA、Chicago等，但若用户在设置样式或导入文献时出错，或者手动修改了引用格式导致不标准，查重系统可能无法识别这些引用，从而标红。
2. 查重系统不兼容：不同的查重系统（如知网、Turnitin等）对参考文献的识别规则不同。如果Zotero生成的引用格式与查重系统期望的格式不完全匹配，可能会被错误地标记。
3. 隐藏格式问题：有时候，文本编辑器中存在隐藏的格式标记，这些可能在Zotero导出时一同带出，而查重系统可能无法正确解读这些格式，导致标红。
4. 引用内容过多：即使正确引用，如果直接引用的文本比例过高，某些查重系统可能将超过一定阈值的引用内容视为重复，尤其是在没有适当使用自己的话来解释或讨论引用内容时。
5. 系统更新或错误：查重系统的算法更新可能影响到对参考文献的识别，偶尔的系统错误也可能导致误标红。
解决方法包括：
检查并调整引用格式：确保所有引用都按照学校或期刊的具体要求格式化，可以对照官方样式指南手动校正或在Zotero中仔细检查设置。
使用正确的引用类型：确认每条引用的类型（如期刊文章、书籍章节等）在Zotero中正确无误。
手动检查：虽然Zotero自动化程度高，但在提交前，手动检查引用的格式，特别是标点符号、空格和换行，确保它们符合标准。
转换文档格式：有时，将文档从.doc转换为.docx或反之，可以解决查重软件的识别问题。
利用查重报告：根据查重报告反馈，针对性地调整标红部分，确保参考文献格式完全符合要求。
确保引用的准确性和格式的标准化是避免查重时参考文献被标红的关键。如果问题持续存在，考虑使用查重系统推荐的引用格式或咨询学校图书馆的学术资源专家。