Mendeley和Zotero在用户界面设计上各有特色。Mendeley的界面设计更加现代化，采用了简洁的布局和直观的图标，用户可以快速找到所需功能。其左侧导航栏提供了文献库、文件夹、标签等分类方式，方便用户对文献进行管理。Mendeley还支持拖拽操作，用户可以直接将PDF文件拖入软件中，系统会自动提取文献信息并生成条目。
Zotero的界面则相对传统，但功能布局清晰，适合习惯使用传统文献管理工具的用户。Zotero的主界面分为三个部分：左侧是文献库和文件夹，中间是文献列表，右侧是文献详细信息。Zotero的操作逻辑较为直接，用户可以通过右键菜单快速完成文献的添加、编辑和导出。虽然Zotero的界面不如Mendeley时尚，但其功能性和稳定性得到了广泛认可。
2. 文献导入与信息提取
在文献导入方面，Mendeley和Zotero都支持多种方式，包括手动添加、PDF导入和浏览器插件抓取。Mendeley的PDF导入功能较为强大，能够自动识别文献的标题、作者、期刊等信息，并生成完整的文献条目。Mendeley还支持批量导入，用户可以一次性导入多个PDF文件，系统会自动处理并生成文献列表。
Zotero在文献导入方面同样表现出色，尤其是其浏览器插件功能。用户可以在浏览学术网站时，直接通过插件将文献信息抓取到Zotero中，整个过程非常便捷。Zotero还支持从其他文献管理软件导入数据，例如EndNote和RefWorks，方便用户迁移文献库。Zotero在PDF信息提取方面的准确性略逊于Mendeley，有时需要用户手动补充或修正信息。
3. 文献管理与分类
Mendeley在文献管理方面提供了丰富的功能，用户可以通过文件夹、标签和收藏夹对文献进行分类。Mendeley还支持智能推荐功能，根据用户的阅读习惯和文献库内容，推荐相关的研究文献。Mendeley的搜索功能非常强大，支持全文搜索和高级筛选，用户可以快速找到所需的文献。
Zotero在文献管理方面同样表现出色，其文件夹和标签功能非常灵活，用户可以根据研究主题、项目或时间对文献进行分类。Zotero还支持文献的批量操作，例如批量添加标签或批量导出文献。Zotero的搜索功能支持布尔逻辑，用户可以通过组合关键词进行精确搜索。虽然Zotero没有Mendeley的智能推荐功能，但其文献管理的灵活性和高效性得到了用户的广泛好评。
4. 协作与共享功能
Mendeley在协作与共享方面具有明显优势，其内置的社交网络功能允许用户创建研究小组，并与团队成员共享文献库。Mendeley还支持文献的公开分享，用户可以将自己的文献库设置为公开，供其他研究者参考。Mendeley的注释和高亮功能支持多人协作，团队成员可以在同一篇文献上进行讨论和批注。
Zotero在协作与共享方面相对较弱，但其支持通过云存储服务（如Dropbox或Google Drive）共享文献库。用户可以将Zotero的文献库文件上传到云端，并与团队成员共享访问权限。虽然这种方式不如Mendeley的社交网络功能便捷，但在一定程度上满足了团队协作的需求。Zotero支持文献的批量导出和共享，用户可以将文献库导出为多种格式，方便与他人交流。
Mendeley和Zotero各有优劣，用户可以根据自己的需求选择合适的工具。Mendeley在界面设计、PDF信息提取和协作功能方面表现突出，适合注重用户体验和团队协作的研究者；而Zotero在文献管理、导入功能和灵活性方面更具优势，适合需要高效管理大量文献的用户。