要实现Zotero与坚果云的文件同步，并管理好文件名及同步文件夹，您可以选择两种主要方法：直接同步和使用WebDAV协议。以下是详细步骤：
直接同步方法（简单但限制较多）
1. 创建特定文件夹：在Zotero的storage文件夹内创建一个新文件夹，例如“ZoteroPDF”。
2. 修改Zotfile设置：安装并配置Zotfile插件，将源文件夹和附件位置都指向这个新创建的“ZoteroPDF”文件夹。
3. 重命名和移动PDF：通过Zotfile的功能，将所有PDF附件重命名并移动到“ZoteroPDF”中。
4. 手动同步：右键点击“ZoteroPDF”文件夹，选择坚果云同步，这样文件夹内的所有PDF将按照Zotero的分类结构存储在坚果云中。
这种方法的优点是操作直观简单，但缺点是需要手动管理，且文件在坚果云中的组织可能不如WebDAV方式灵活。
WebDAV同步方法（更高级但需设置）
1. Zotero设置：
进入Zotero的“编辑”>“首选项”>“高级”>“文件和文件夹”，确保使用绝对路径，并根据需要自定义数据存储位置。
在“同步”设置中，关闭自动同步数据，准备进行文件同步设置。
2. 坚果云WebDAV设置：
登录坚果云网页端，设置应用密码用于第三方应用（如Zotero）。
在Zotero的“同步”设置中，选择“文件同步”，并使用WebDAV选项，填入坚果云提供的服务器地址、用户名（邮箱）和应用密码。
3. Zotfile配置（可选）：
如果使用Zotfile，调整设置以确保附件被正确存储和重命名，可以设置附件存储位置为与WebDAV同步目录一致，使用子文件夹来分类附件。
4. 同步过程：
设置完成后，Zotero会通过WebDAV与坚果云同步，包括条目、标签、附件等，但PDF文件会按Zotero的内部结构存储在坚果云中，这可能导致文件分布在多个子文件夹中，不易直接浏览。
注意事项
使用WebDAV时，坚果云同步的文件可能以压缩格式存在，影响直接访问。
直接同步方法简单，但不利用WebDAV的自动同步特性，且文件组织依赖手动管理。
WebDAV设置较为复杂，但提供更全面的同步解决方案，适合需要全面同步Zotero数据的用户。
选择适合您的同步策略时，请考虑个人需求、操作便捷性和对文件组织的要求。