如果你遇到Zotero与坚果云同步后文件夹为空的问题，这可能是因为同步配置不正确或者同步过程中出现了某些错误。根据提供的参考内容，这里有几个步骤和解决方案可以帮助你解决同步问题：
1. 检查Zotero与坚果云的同步设置：
确保你在Zotero中正确配置了坚果云的WebDAV同步。你需要在Zotero的“编辑”>“首选项”>“同步”>“文件同步”中选择WebDAV，并输入坚果云提供的服务器地址、账户和应用密码（需要在坚果云账户的安全选项中生成）。
如果之前配置过但出现问题，尝试重新授权或创建新的应用密码。
2. 坚果云目录结构：
不要在“我的坚果云”下直接建立Zotero的根目录，而应该在坚果云网页端创建一个特定的目录，比如`works/zotero`，确保这个目录与Zotero中的设置对应。
3. 使用WebDAV时的常见问题：
如果同步失败，检查网络连接，有时网络不稳定会导致同步中断。
有时候，重新启动Zotero或坚果云客户端可以解决临时的同步问题。
确认坚果云的第三方应用权限是否正常，有时需要重新授权。
4. 本地存储与同步路径：
确保Zotero的存储位置（特别是storage文件夹）与你通过坚果云同步的路径一致。如果使用了软链接的方式，检查链接是否正确创建，使用命令提示符中的`mklink /j`命令创建正确的链接。
5. Zotfile插件的使用：
如果你同时使用Zotfile管理PDF附件，请确保Zotfile的设置与你的存储路径相匹配，比如源文件夹和目标文件夹的路径设置。
6. 检查坚果云客户端：
确保坚果云客户端运行正常，没有因为客户端问题导致同步失败。
7. 重试与排查：
如果问题持续存在，考虑重置同步设置，甚至重新配置Zotero和坚果云的同步，有时候从头开始可以避免之前的错误配置。
8. 查看日志：
查看Zotero的同步日志，它可能会提供关于同步失败的具体原因。
如果以上步骤都无法解决问题，可能需要检查是否有软件更新，或者考虑联系Zotero和坚果云的官方支持获取进一步的帮助。记得在操作过程中备份重要数据，以防意外丢失。