当你在Zotero中使用坚果云进行同步后发现没有同步到PDF文件，这通常是因为几个常见的配置或理解上的问题。以下是一些解决这类同步问题的步骤和解释：
1. 理解Zotero与坚果云的同步逻辑
数据同步与文件同步：Zotero同步分为两部分，数据同步（如条目、标签）和文件同步（PDF等附件）。数据同步默认发生，但文件同步需要特别设置。
Zotfile插件的作用：如果你使用了Zotfile，它会重命名PDF并移动到特定目录，这可能与坚果云的同步路径不匹配，导致新设备上找不到文件。
2. 配置检查
链接附件的根目录：确保Zotero中的“链接附件的根目录”设置正确，特别是使用WebDAV时，可能需要恢复使用绝对路径。
数据存储位置：确认“数据存储位置”设置，确保storage文件夹的位置适合坚果云同步。
Zotfile设置：在使用Zotfile时，确保设置为存储文件的副本，并指定正确的源文件夹和目标文件夹路径。
3. 同步设置
在Zotero的“同步”设置中，确保已登录坚果云的WebDAV账户，并开启了自动同步及全文内容同步。
4. 版本冲突与路径问题
如果之前在不同设备上没有正确同步或有版本冲突，可能会导致文件丢失或未正确同步。检查坚果云的历史版本，有时文件可能被误放在历史记录中。
确保所有设备上的Zotero和坚果云设置一致，特别是WebDAV的路径配置。
5. 手动匹配文件
如果同步后条目与PDF分离，可能需要手动通过Zotero的“附件”功能重新关联本地PDF文件。
6. 注意事项
不要在“我的坚果云”下直接建立Zotero同步目录，应遵循特定的路径指导。
确保坚果云的WebDAV地址正确配置，使用正确的应用密码而非登录密码。
7. 解决步骤
1. 检查Zotero设置：验证数据存储和附件存储路径是否与坚果云同步路径一致。
2. Zotfile重命名规则：如果使用，确保规则不会导致文件无法找到。
3. 重新同步：在解决配置问题后，完全退出Zotero并重新登录，然后尝试重新同步。
4. 手动整理：在极端情况下，可能需要手动整理存储在坚果云中的PDF文件，并在Zotero中重新附加它们。
通过上述步骤，你应该能够解决Zotero与坚果云同步时PDF文件缺失的问题。如果问题依旧，考虑检查网络连接、坚果云的同步状态，或寻求Zotero社区的帮助。